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'NGS 국가 사업자' 마크로젠, 2년만에 적자 끊었다

통합 바이오 빅데이터 기반 매출 증가, 일본 등 해외 모멘텀 기대

김혜선 기자  2025-11-18 08:46:05
마크로젠의 차세대 염기서열 시퀀싱(NGS) 서비스가 국가 사업으로 채택된 가운데 실적 효과로 이어지고 있다. 국내 수요가 늘어난 덕분에 3분기 누적 흑자 전환을 이뤘다. NGS 서비스 관련 시약 원재료 단가 높아졌음에도 달성한 고무적인 성과다.

이 기세를 몰아 마크로젠은 글로벌 확장도 추진한다. 이미 NGS 사업으로 입지를 다진 일본 이외 싱가포르 등이 주요 공략 거점이다. 동남아 시장까지도 진출할 수 있다는 점이 경쟁력이다.

◇영업이익 18억 발생, 규모의 경제 효과로 수익성 개선

마크로젠은 올해 3분기 누적 별도 기준 매출액 773억원, 영업이익 22억원을 기록했다. 매출은 전년 동기 715억원 대비 8.1% 늘었고 영업이익은 18억원 영업손실에서 흑자로 전환했다. 같은 기간 순이익은 40억원으로 순손실 71억원에서 개선됐다.


적자를 2년 만에 끊어냈다는 점에 고무적이다. 마크로젠은 2023년 6월 젠톡 플랫폼을 출시했고 작년 NGS 사업 부문에 대한 활발한 마케팅 활동을 펼쳤다. 이에 10억원대였던 광고선전비가 22억원 수준으로 확대됐고 영업비용이 늘면서 적자로 전환됐다.

올해는 NGS 사업의 국내 수요가 늘면서 실적을 끌어 올렸다. 3분기 누적 기준 NGS 사업 부문의 매출액은 247억원이다. 이 가운데 국내 매출 비중은 61.55%에 달한다. 전년 동기 58.08% 비중을 차지하던 것과 비교하면 더 늘었다.

국가 사업으로 채택됐다는 점이 매출 확대에 기여했다. 마크로젠은 작년 말 국가 통합 바이오 빅데이터 구축 사업에 선정됐다. 14만 5952건의 인간 전장 유전체(WGS) 데이터와 2800건의 전사체(mRNA) 데이터를 생산하고 분석하는 역할을 수행한다. 올해 3분기 중 대량의 WGS 생산이 본격화되면서 매출 확대를 이뤘다는 설명이다.

NGS 서비스 관련 시약의 원재료 단가가 높아졌음에도 이룬 성과다. 올해 3분기 말 기준 해당 시약의 단가는 5877원이다. 전년 말까지는 4309원이던 것과 비교하면 36.42% 가격이 상승했다. 수요 확대에도 이를 방어했다는 점이 고무적이다.

원재료 가격 급등에도 국가 사업 매출이 늘며 규모의 경제 효과를 봤다. NGS 서비스 수요가 늘어나면서 분석 장비의 가동이 활성화됐다. 이에 장비에 대한 고정비가 줄면서 원재료 가격을 상쇄해 영업비용 감소 효과를 봤다.

마크로젠은 유전체 분석 사업 확장을 위한 인프라 구축에도 집중하고 있다. 작년 4월에는 글로벌 지놈 캠퍼스를 착공했다. 유전체 정보를 포함한 빅데이터와 인공지능(AI)을 결합해 글로벌 유전체 빅데이터 허브 역할을 담당한다.

마크로젠 관계자는 "국가 통합 바이오 빅데이터 구축 사업은 2026년까지 대규모 WGS 생산이 예정돼 있어 지속적인 매출이 발생하는 구조"라며 "향후 강북삼성병원과 함께 하는 AI 주치의 개발 과제 등 여러 프로젝트를 진행하고 있어 추가 수요가 기대된다"고 말했다.

◇해외 매출 12.29% 확대, 싱가포르 기관 8곳 서비스 제공

향후 마크로젠의 핵심은 국내를 넘어 글로벌 확장이다. 총 4곳에 해외 현지 법인을 설립해 직접 시장 침투 전략을 펼쳤고 NGS 사업의 해외 매출도 늘고 있다. 마크로젠의 올해 3분기 누적 해외 NGS 부문 매출은 155억원이다. 전년 동기 138억원과 비교해 12.29% 확대됐다.


마크로젠은 일본과 유럽 등에서 시장 대응을 수행한다. 그중에서도 일본 NGS 시장에서는 작년까지 6년째 1위를 지킨 것으로 알려진다. 경쟁사보다 정교한 분석 결과를 입증하며 타국에 보수적인 일본 시장에서 성과를 올리고 있다.

이외 주요 국가로 꼽는 곳은 싱가포르다. 마크로젠은 2018년 싱가포르 생물의학 연구단지인 바이오폴리스(Biopolis)에 Macrogen Asia Pacific Pte. Ltd.를 설립했다. 2019년 11월 CAP 인증을 확득해 자체적인 임상진단 수행이 가능하다.

싱가포르 법인은 NGS 사업 기반이 갖춰진 상태다. NovaSeq 60-00 등 NGS 플랫폼을 설치했다. 이에 국책 연구기관인 △싱가포르 과학기술청 △싱가포르 국립대학 △싱헬스 △난양공대 △싱가포르 국립대학병원 △탄톡생 병원 △여성소아병원 △싱가포르 국립암센터 등 8곳에 서비스를 제공한다.

싱가포르 법인이 핵심인 이유는 동남아 시장을 확장할 교두보 역할을 수행하기 때문이다. 마크로젠은 해당 법인을 활용해 현재 암 패널 출시 등 임상 진단 서비스 론칭을 추진 중이다. 아직까지 임상으로 직접 서비스를 할 수 없어 연구용으로만 이용 가능하다.

마크로젠 관계자는 "이번 분기 흑자 전환에는 NGS 분석 매출 증가가 가장 큰 영향을 미쳐다"며 "글로벌 대형 고객 협업은 본사와 해외법인 및 지사가 원팀으로 공동 대응하며 품질과 데이터 표준, 핵심 기술 가이드는 본사가 일원화해 운영하고 있다""고 말했다.
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