펩트론의 주요 주주였던 글로벌 자산운용사 뱅가드가 지분 전량을 매도했다. 주주명부에 등장한 지 꼬박 6년 만이다. 공교롭게도 같은시기 국민연금도 보유 지분을 절반 이하로 줄였다. 대형 투자기관 두 곳의 이탈이 동시에 나타났다는 점에 주목된다.

펩트론은 뱅가드의 매도는 자체적인 보유량 조절일 뿐이라는 입장이다. 뱅가드가 빠진 자리에 국내 자산운용사가 새롭게 유입됐다는 점도 강조했다.

2025년 사업보고서에 따르면 펩트론의 주요 주주 명단에서 '뱅가드 토털 인터내셔널 스톡 인덱스 펀드'의 지분율은 제로로 적시됐다. 2019년 처음 주주명부에 이름을 올린 지 6년 만에 전량 매도한 데 따른 결과다. 뱅가드 펀드는 특정 종목을 직접 선별하는 대신 글로벌 지수를 추종하는 방식으로 운용된다. 세계 2위 자산운용사 뱅가드의 대표 상품이다.

뱅가드 펀드는 펩트론 주주명부에 이름을 올린 첫해인 2019년 말 2만7504주, 0.18%를 보유하는 데 그쳤으나 2020년 말 26만6449주, 1.29%로 지분을 늘렸다. 이후 2021년부터 2023년까지 3년간 24만1087주, 1.17%를 그대로 유지했고 2024년 말에는 28만4604주, 1.22%로 소폭 확대했다. 꾸준히 지분을 매입하다 지난해 전량 처분한 셈이다.

펩트론의 주가는 2019년 말 기준 1만5000원선에서 2025년 말 23만원대로 대폭 올랐다. 단순 계산으로 이 기간 수익률은 1433%에 달한다.

뱅가드 펀드는 지수에서 편출된 종목의 경우 기계적으로 매도하는 구조다. 다만 펩트론은 자사 주식의 지수 편출입과 무관하게 뱅가드의 자체적인 주식보유량 조절에 따른 매도일 뿐이라고 설명했다.

작년 기준 국내 큰 손인 국민연금도 지분을 대폭 줄여 주목된다. 2024년 말 82만9727주, 3.56%에서 2025년 말 38만1490주, 1.64%로 축소됐다. 약 44만8000주를 순매도했다.

펩트론이 블록버스터 비만 치료제 '마운자로'를 보유한 릴리와 핵심 플랫폼 기술 '스마트데포'에 대한 기술평가 계약을 맺고 있는데 따른 본계약 기대감으로 주가가 대폭 올랐다. 현재 본계약은 기한이 없고 기술성평가 계약이 연장된 상태다. 이런 상황에서 주요 기관투자가들이 주식을 대거 팔아치웠다는 점에 주목된다.

물론 신규 기관투자가도 있다. 2025년 말 기준 국민은행으로 27만8227주(1.19%)가 신규 기재됐다. KB증권 계좌를 통해 여러 자산운용사의 펀드 물량이 실명번호 기준으로 합산 집계된 결과다. 공시 요건상 계좌 소유주인 국민은행 명의로 표기되지만 실제로는 각 운용사의 개별 계좌가 내부에 분산돼 있다.

펩트론 관계자는 "뱅가드의 이탈은 지수 편출 등 회사와 관련된 사안이 아니라 그들의 선택으로 보유량을 조절한 것"이라며 "회사 차원에서 별도로 우려하는 부분은 없다"고 말했다.